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染色體免疫共沉淀（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）是基于體內分析發展起來的方法，也稱結合位點分析法，在過去十年已經成為表觀遺傳信息研究的主要方法。這項技術幫助研究者判斷在細胞核中基因組的某一特定位置會出現何種組蛋白修飾。ChIP不僅可以檢測體內反式因子與DNA的動態作用，還可以用來研究組蛋白的各種共價修飾 與基因表達的關系。近年來，這種技術得到不斷的發展和完善。采用結合微陣列技術在染色體基因表達調控區域檢查染色體活性，是深入分析癌癥、心血管疾病以及中央神經系統紊亂等疾病的主要通路的一種非常有效的工具。
原理
是在活細胞狀態下以甲醛固定蛋白質－DNA復合物，超聲將其隨機切斷為長度范圍內的染色質小片段，然后加入目的蛋白抗體，通過抗體沉淀靶蛋白-DNA復合物，通過洗脫的方法得到富集的靶蛋白-DNA復合物，特異性地富集目的蛋白結合的DNA的片段，通過對目的片斷的純化與檢測（PCR分析），從而獲得蛋白質與DNA相互作用的信息。
應用
1.組蛋白修飾研究
2.轉錄調控分析
3.有絲分裂研究
4.DNA損傷與凋亡分析
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